Christian Frémont a notamment été directeur des stages de l'École nationale d'administration pendant près de 10 ans, avant de de devenir successivement préfet de l'Ariège entre 1991 et 1992, puis du Finistère de 1992 à 1996, puis du Pas-de-Calais jusqu'en 1997, date à laquelle il devient directeur général de l'administration au Ministère de l'intérieur. Nommé préfet de la région Aquitaine en 2000, il part à Marseille en 2003 pour prendre le poste de préfet de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur.
Lors du Conseil des ministres du 23 mai 2007, sur proposition de la ministre de l’Intérieur, de l’Outre-mer et des Collectivités territoriales, "Il est mis fin aux fonctions de préfet de M. Christian Frémont, préfet de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur, préfet de la zone de défense sud, préfet des Bouches-du-Rhône (hors classe) ". 1
Il devait être nommé Directeur de Cabinet d'Alain Juppé, Ministre d'Etat, Ministre de l'Ecologie, du Developpement et de l'Aménagement Durables (il l'était officieusement au lendemain de la constitution du gouvernement Fillon I). Cependant la défaite d'Alain Juppé aux élections législatives et la démission de celui-ci, annulera l'arrêté de nomination qui devait sortir après les élections. Christian Frémont a ensuite été nommé au poste de directeur de cabinet de Jean-Louis Borloo qui a succédé à Alain Juppé au lendemain de la défaite de celui-ci aux législatives. Il était, depuis la fin du mois d'avril 2008, conseiller du Président de la République Nicolas Sarkozy et a été nommé directeur de cabinet de celui-ci en remplacement d'Emmanuelle Mignon le 28 juillet 2008.