De nationalité espagnole, né à Paris en 1948, Eneko Landaburu entame très tôt une carrière politique et devient en 1980 député du Parti Socialiste Ouvrier Espagnol (PSOE) au Parlement du Pays Basque espagnol (Eusko Legebiltzarra)). Parallèlement il poursuit des activités de recherche qui l'amènent en 1983 à diriger pour trois ans l'Institut de Recherche sur les Multinationales de Genève. Depuis 1996, il est membre du Conseil scientifique de l'Institut d'études européennes de Bruxelles. Il se tourne ensuite vers l'Europe communautaire et entre à la Commission européenne où en juillet 1986 il est nommé directeur général de la Politique régionale et de cohésion de la Communauté. Il occupera ce poste pendant 13 ans, jusqu'en décembre 1999. Dans le même temps, Eneko Landaburu participe au Conseil d'administration de la Banque européenne d'investissement (BEI) en tant que membre suppléant (de 1993 à 1999), et il est également membre du Conseil de surveillance du Fonds européen d'investissement (FEI) installé à Luxembourg (de 1994 à 1999).
À partir de janvier 2000, Eneko Landaburu occupe les fonctions de directeur général de l'élargissement à la Commission européenne ; il est notamment chargé de diriger les négociations d'adhésion avec les pays candidats. Eneko Landaburu est membre (juillet 2006) du conseil d'administration du think tank Notre Europe fondé par Jacques Delors en 1996. Eneko Landabaru est actuellement depuis juillet 2006 Directeur général de la DG Relations Extérieures de l’Union européenne